本指南介绍如何安装、配置并首次使用 BioinfoAgent Skills。
git clone https://github.com/ssinder/bioinformatics-agent-skills.git
cp -r bioinformatics-agent-skills/skills/* ~/.claude/skills/
重启 Claude Code 后技能即可被自动发现。
也支持其他遵循 Agent Skills 标准 的宿主: Cursor、Codex、Google Antigravity 等。把
skills/目录放到对应宿主读取技能的位置即可。
git clone https://github.com/ssinder/bioinformatics-agent-skills.git
cd bioinformatics-agent-skills
pip install -e ".[all]" # 安装全部科学计算依赖
# 或按需安装
pip install -e ".[rna-seq]"
pip install -e ".[single-cell]"
pip install -e ".[structure]"
pip install -e ".[visualization]"
验证安装:
biopipe --list
所有技能遵循统一的目录约定:
my_project/
├── data/ # 原始输入
├── work/ # 中间产物
├── results/ # 最终结果
├── figures/ # 图表
└── logs/ # 运行日志
在项目根目录运行脚本,目录会被自动创建。
在项目根目录放 biopipe.yaml,可自定义目录:
root: /path/to/project
work_dir: intermediate
output_dir: final_results
figures_dir: plots
也支持 JSON 格式,或通过命令行 --config 指定其他路径。
| 变量 | 用途 |
|---|---|
BIOPIPE_PROJECT_ROOT |
覆盖项目根目录 |
NCBI_API_KEY |
NCBI E-utilities API Key(可选,提升速率限制) |
OPENALEX_MAILTO |
OpenAlex polite pool 邮箱(可选) |
export PYTHONPATH="$PWD/packages"
# 1. 查看技能清单
biopipe --list
# 2. 查看某个技能的完整用法
biopipe bulk-rnaseq --help
# 3. 小步试跑,先看参数说明
python skills/peptide-design/scripts/analyze_peptides.py --help
所有脚本支持统一日志参数:
# 详细日志 + 写入文件
python skills/<name>/scripts/<entry>.py --input ... --log-file logs/run.log -v
# 静默模式(适合自动化流水线)
python skills/<name>/scripts/<entry>.py --input ... -q
日志同时写到 stderr 与指定文件,格式为:
2026-10-25 20:46:22 | INFO | biopipe.bulk-rnaseq | 开始质控
A: 这是设计如此。核心算法都有内置的纯 Python 实现,会打印一条提示后自动降级:
WARNING | biopipe.single-cell-rnaseq | 未检测到 scanpy，使用内置降级后端
想要完整功能,安装对应可选依赖即可。
A: matplotlib 默认字体不含中文字形。设置环境变量或修改 figure_style.py:
import matplotlib
matplotlib.rcParams["font.sans-serif"] = ["Microsoft YaHei", "SimHei", "DejaVu Sans"]
matplotlib.rcParams["axes.unicode_minus"] = False
A: 共享层已内置指数退避重试与限速。若仍失败:
export https_proxy=http://127.0.0.1:7897NCBI_API_KEY-v 查看具体的 HTTP 状态码A: 部分对接服务需要本地运行。这类脚本默认不会联网,必须显式指定服务端点。